治疗更年期综合征的药物主要有激素类的药物。最有效的治疗方法是做激素替代治疗，比如芬吗通比较常用。
如果是存在激素替代治疗的禁忌证，不能用雌激素和孕激素的情况，也可以选择用其他的药物，比如各种舒血管的药物，包括营养神经和镇静类的药物等来帮助治疗，要根据每个人的具体症状来决定用药，比如可以用谷维素片，或者是地西泮片，或者是进行补钙治疗等。
如果症状太严重的患者，比如有明显的抑郁情况，也有的患者需要就诊精神科，需要用一些抗抑郁等方面的药物。