巧克力囊肿术后打针只能起到降低复发率的作用，并不能保证不会复发。
在进行巧克力囊肿手术之后，一般都要打针来控制疾病的复发，其中控制复发的效果最佳的药物是GnRH类药物，例如醋酸戈舍瑞林以及醋酸亮丙瑞林，但因为价格比较昂贵，部分患者也会采用服用孕三烯酮的方式来控制复发。
不管使用何种方式，都不能完全避免复发，只有切除卵巢及子宫才能保证完全不复发，但是巧克力囊肿术后如果不打针，是有一半的几率会复发的，所以建议还是在术后按要求打针，降低复发的风险。