泌尿生殖系支原体感染有两种治疗方法，一种是对症支持治疗，另外一种是选择抗菌药物治疗。泌尿生殖系统支原体感染属于性传播疾病，主要通过性交进行传播。所以在治疗期间，女性或者男性有支原体感染，需要暂停性生活，避免在性生活中引起交叉性传染。
此外，就是配合抗菌药物治疗，选择大环内酯类抗生素，比较常用的抗菌药有红霉素、阿奇霉素、罗红霉素、多西环素、环丙沙星、米诺环素等。
治疗期间不能随意停药，要坚持足够疗程的用药治疗，至少要坚持治疗两周。