尿路感染之所以反复发作的原因可能为治疗不彻底、有包皮包茎、性伴侣有阴道炎、存在诱发感染的疾病。
在治疗尿路感染时，如果不足疗程用药会使致病菌一直存在，反复引发尿路感染。如果男性存在包皮包茎，包皮内部长期得不到清理，也容易反复引发尿路感染。
当女性患有阴道炎时，在性生活时如果不加防护，也容易将致病菌传染给男性。此外，男性可能患有诱发感染的疾病，比如前列腺炎、膀胱肿瘤、糖尿病等疾病，原发病治疗不彻底，尿路感染就容易反复出现。