泌尿系感染需要给予抗感染的药物治疗。多种病原体可以导致患者发生泌尿系感染，要根据不同的病原体选择合适的抗生素。
有些患者发生泌尿系感染是有衣原体引起的，衣原体感染可以选用大环内酯的抗生素，也可以给予喹诺酮类的抗生素。有些患者是细菌感染引起的，常见的细菌为大肠杆菌，可以给予青霉素或头孢类抗生素。
在给予抗感染治疗的同时要注意多饮水，增加尿量有利于泌尿系感染的恢复。对于反复发作的泌尿系感染，要进行细菌培养。