肛门瘙痒症的治疗主要是找到引起瘙痒的原因，从病因上治疗原发疾病。对于一些原因不明确的肛门瘙痒，可以用以下方法治疗：
1.药物治疗，可口服抗过敏药物，如西替利嗪；精神紧张、神经衰弱者口服镇静药，如安定；还可用清热利湿、清风止痛作用的中药，如龙胆泻肝汤、消风散；
2.外用药物，可外用肤轻松软膏、氢化可的松软膏，起到止痒作用，可配制中草药肛门熏洗坐浴；
3.注射疗法，肛周皮下注射亚甲蓝，破坏局部感觉神经，达到止痒目的；
4.手术方法，对于顽固性肛门瘙痒，采用手术方法讲肛周皮下感觉神经末梢切断。