棉尘肺在治疗方面，通常有药物治疗和一般治疗两种方法。药物治疗需要根据患者引起的症状，对症治疗。例如应用止咳、平喘、抗菌素、化痰药来改善患者的症状。
如果急性期出现严重的喘憋、发热等情况，要给予呼吸功能支持，适当地应用一定的消炎药进行对症处置。如果患者合并了有呼吸系统的其他细菌的感染，例如支原体、衣原体、病毒等。还可以通过治疗上述的药物来进行，分别对症治疗。如果患者合并了慢阻肺，并且出现不同程度的呼吸衰竭，要给予患者进行氧疗。
另外，对于周身的治疗，还要脱离粉尘作业，加强自身管理，戒烟。并且对于严重的患者可以考虑进行手术治疗。