胚胎停育是否会发生自然流产，这是会存在一定的几率问题的，并不是所有的胚胎停育都能够自己排出来，也有的胚胎停育是属于稽留流产，是需要进行尽早的清宫手术。
已经明确检查到是胚胎停育的情况，是不主张继续等待自然流产出来，因为等待时间越长对患者身体的影响可能就会越大。比如有的患者会因为已经停止发育的胚胎组织，会诱发促凝物质进入孕妇体内，是有可能会导致之后凝血功能受到影响，而导致大出血发生的可能，也有可能会因为异常的阴道出血时间长，而导致炎症发生的可能。