胃窦糜烂通过抑制胃酸、保护胃黏膜、促进胃肠动力的药物进行治疗。
胃窦的粘膜出现糜烂，主要考虑是由于慢性的胃部疾病如胃炎，病情逐渐加重，可能导致黏膜的部位出现充血、水肿、糜烂等一些表现。如胃酸分泌增多，对黏膜造成刺激时，还会导致症状加重，所以在治疗时可给予抑制胃酸的药物，如奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑，能减少胃酸的分泌。
同时应配合保护胃黏膜的药物，如铋剂类药物，果胶铋、枸橼酸铋钾等。摄入食物过多会增加胃肠道的负担，口服促进胃肠动力的药物，如莫沙必利。必要时进行幽门螺旋杆菌检测，如检查结果阳性，可通过三联、四联疗法治疗。