尿道下裂唯一的治疗方法就是手术修复，让患者恢复排尿和性交的功能。
尿道下裂手术越早做越好。一方面是为了减少本病对幼儿心理上的影响，另一方面是因为幼儿皮肤可塑性强，尿道下裂手术修复后的皮肤自我修复功能更明显。及早修复对生殖器本身的发育更有利，所以该手术尽量在两岁前完成。
轻度的尿道下裂可直接行尿道开口复位和阴茎下曲纠正。严重的尿道下裂需要行分期手术，一期行阴茎下曲纠正，二期行皮瓣修复尿道。