黄连羊肝丸可以在饭前吃，也可以安排在饭后服用。这个药物的具体服药时间，并没有严格规定。在临床使用中主要结合患者的个体情况，来选择合适的服药时间。
黄连羊肝丸为清热药，能泻火明目，药性偏寒。如果胃肠功能较差的患者，应安排在饭后一小时左右服用药物为好，以免刺激胃肠引起不适。对于平素胃肠功能良好没有胃部疾患的患者，可以空腹用药。
此外还需要有所注意，如果经常有腹泻或常排软便、排稀便，以及脾虚较严重者，不宜使用黄连羊肝丸进行治疗。