婴儿便秘严重可以在医生的指导下，采用肛管内灌肠开塞露的方法来促进排便。开塞露具有高渗透作用，而且可以刺激肠壁的蠕动。此外，开塞露也可以软化大便，促进大便的排泄。
也可以口服益生菌，比如妈咪爱等药物来调理肠道菌群，改善肠道环境，促进肠道的蠕动，从而促进宿便的排出。
此外在日常生活中，要注意多给婴儿喝水或者果汁，同时多吃一些富含膳食纤维的食物，比如香蕉，可以有效增加大便的水分和残渣，有利于婴儿排便。对于奶粉喂养的婴儿，要注意冲泡奶粉的时候不能太浓，容易引起便秘。