女性两边肾隐隐作痛的原因有很多：
首先，需要考虑泌尿系疾病，很多泌尿系疾病都有可能会导致两边肾隐隐作痛的临床表现，例如急性肾盂肾炎。不仅会有腰痛的症状，还会伴随寒战、高热、膀胱刺激征等临床表现。
其次，肾脏占位性病变或者较大的囊肿造成压迫症状，也会表现出两边肾脏隐隐作痛的临床表现。
再次，女性还需要考虑妇科疾病，例如附件炎、盆腔炎等疾病，往往也会伴随两边肾区疼痛的表现。
最后，其他腰椎疾病，如腰肌劳损、腰椎间盘突出症、腰椎椎管狭窄等疾病，由于神经放射性疼痛，也可以造成两边肾区疼痛的表现。
因此，当女性出现两边肾区疼痛的症状时，需要结合既往病史、伴随症状进行鉴别诊断，明确病因。