肛周脓肿需要用肛门镜检查。可以起到寻找到化脓的肛腺，以及排除直肠的其它疾病。
当肛隐窝内的肛腺阻塞水肿后，容易引起化脓性感染，从而形成肛周脓肿。一旦形成脓液后，保守治疗效果差，行肛周脓肿根治术是首选的治疗措施。而从手术中寻找到发病的肛腺是手术成功的关键。因此，术前通常用肛门镜检查，有时可以发现化脓的肛腺。
另外，有部分肛周脓肿患者是继发于直肠恶性肿瘤之后，而大多数的直肠癌生长在直肠的中下段，行肛门镜检查可以初步排除直肠恶性肿瘤。