肛门潮湿、有臭味需要先查明病因，再选择用药。如果是因为肛周湿疹引起的肛门湿臭，可以选择清热利湿的中药熏洗坐浴，坐浴后可以涂曲咪新乳膏外用缓解。
如果是肛门瘙痒症引起，可以用黄柏、艾叶、苦参等中药，煎水坐浴，清热解毒止痒并配合口服抗组胺的药物治疗。如果是肛瘘引起的肛门湿臭，可以用百多邦软膏外用，口服头孢霉素抗感染治疗，配合高锰酸钾坐浴缓解肛门湿臭。择期行肛瘘切除术，才能治愈。
如果是肛门失禁引起，药物治疗效果不理想，需要手术治疗。术后配合提肛运动，可以治疗肛门湿臭。