球孢子菌病除了侵蚀皮肤外，还可以影响以下方面：
1.肺部损害。无症状的肺部感染患者仅有感冒样症状，X线检查肺部可见小的纤维化或钙化病灶。有症状的肺部感染经过半个月的潜伏期后即可出现呼吸道症状，比如咳嗽、痰白色，有时呈脓性或带血。当有胸膜渗出性改变或发生肺部病变时可有胸闷、呼吸困难等。
2.继发性球孢子菌病可以发生脑膜炎，约见于1/4继发性球孢子菌患者中。全身性病变可见于多数脏器内发生粟粒性病变，淋巴结可被侵犯，有时发生纤维化，脾脏病变可呈肉芽肿、肿瘤样或化脓性。