后天原因导致的男性生殖器畸形，大多是因为外伤、肿瘤以及感染等因素导致，例如外伤就包括电击、车祸等，就会导致男性生殖器受到外力的损伤从而出现畸形。
另外一些严重的感染如果得不到有效的治疗，也有可能导致生殖器出现畸形。生殖器肿瘤，如阴茎癌、睾丸癌等，需要手术切除病变的生殖器官，也会造成男性生殖器畸形。
在治疗上可以对因进行治疗，首先要处理好外伤或是消除感染，然后进行整型手术进行矫正。对于轻微的患者会得到较好的效果，但如果情况比较严重的很可能就无法进行矫正，得不到良好的治疗效果。