大多数甲状腺囊性瘤都是良性的表现，发生恶变的概率较低，其主要来源为甲状腺的滤泡上皮细胞。通常会按照病理类型分为两种，一种为甲状腺滤泡状腺瘤，另外一种为乳头状腺瘤，其中以滤泡状腺瘤比较多见。
甲状腺囊性瘤是甲状腺腺瘤在内部发生了囊性的病变，大多是患甲状腺腺瘤时间较长的患者，当腺瘤较大时，容易发生局部血管破裂出血，或者导致患者营养缺乏，使腺体内的组织坏死液化，最终形成囊腺瘤。
患者可以进行细针穿刺抽出液体进行病理学诊断，来明确是良性还恶性病变。