磁共振检查可以检查肠胃，但是主要是用于术前或者术后的检查。
因为核磁共振检查对软组织的分辨率比较高，所以可以发现病变部位侵犯周围组织的程度，判断有没有淋巴结的转移或者是腹膜等脏器是否有转移。特别是直肠癌的患者，一般术前都要求做核磁共振检查。
但是核磁共振检查不是用于胃肠道疾病的最初或者最好的检查方式，因为它对早期的病变并不是很敏感，比较容易出现漏诊的情况。怀疑患者有胃肠道的疾病，一般会首先选择胃肠镜检查或者胃肠消化道的造影检查进行判断，能够在早期就发现胃肠道黏膜的病变。