目前临床研究认为，乳腺导管扩张症可能和导管排泄障碍、异常激素刺激、感染等因素有关。本病病因不清楚，但因本病常见于中、老年人，可能是一种退行性改变，与乳头的内陷或畸形，鳞状上皮伸入导管内壁，造成角化鳞屑的阻塞，或脂质分泌物刺激导管壁，造成炎症、瘢痕增生及继发感染有关。
自身免疫性疾病也有可能，因为本病后期，常合并浆细胞性乳腺炎，在病理中常见有大量浆细胞浸润，病变呈反复发作，故有人认为是一种自身免疫疾病。
乳腺导管扩张症的发病机制一般来说有以下几种原因：
1、导管排泄障碍。
2、异常的性激素刺激能促使导管上皮产生异常分泌，导管明显扩张。
3、可能与厌氧菌感染或乳晕部感染有关。