孢子丝菌病的排除，一般可以通过临床的表现进行判断排除。
比如如果患者形成典型的淋巴管型孢子丝菌病，可能形成一定的电话线样的表现，如果没有这种类似的表现，一般并不考虑这种疾病的。有的患者形成孢子丝菌病，形成固定型的一种皮肤损害，所以如果没有这种类似的皮肤损害，也是可以排除的。
如果有一些孢子丝菌病形成疑似的症状，也可以通过一定的病理组织检查进行排除。如果患者皮损表现有明显的特征，比如出现中央为化脓层，外层为结核样层，以及周围形成梅毒样层的典型特征就可以确诊，如果没有这种典型特征就可以进行排除。