一般对于没有感染的皮肤囊肿，它的治疗主要是以手术切除治疗为主。
而对于有红肿热痛的皮肤囊肿，则开始可以使用抗生素进行治疗，可以外用抗生素药膏并且口服抗生素结合起来。待控制感染以后，患者再择期行皮肤囊肿的切除手术。
而很多患者有皮肤囊肿，并且没有任何不适的症状，则可以不用处理，只需密切观察患者皮肤囊肿是否会变大。因为绝大部分皮肤囊肿都是一种良性的病变，发生恶变的概率是非常罕见的。因此患者一定不要太过担心，要保持良好的心态，要注意多休息。