卵巢囊肿是否会导致不孕不育，需要看囊肿的性质，囊肿的大小，是一侧还是两侧都有关系。
卵巢囊肿一般考虑卵巢的良性肿瘤，它的病理组织学分类有很多，比如卵巢的巧克力囊肿、浆液性囊肿、粘液性囊肿、卵巢畸胎瘤等。但一侧的，比较小的囊肿，另一侧的卵巢功能正常，没有其它不孕的因素，比如男性生育正常、无精子及其它异常，女性也没有输卵管、子宫及其它因素的异常，一般这种情况对生育的影响还是很小的，基本不会导致不孕不育。
但比如其中的卵巢巧克力囊肿，一般都容易引起双侧的病变，也容易引起月经的异常等，就容易导致不孕不育了。对于两侧大的卵巢囊肿，因破坏卵巢组织过多，导致卵巢功能下降，不孕机会也会增加。所以对于卵巢囊肿是否影响生育要综合评估。