宝宝直肠给药有一定的副作用，常见的包括以下几个方面。
1.如果直肠给药的情况下，动作比较粗暴，容易损伤孩子的直肠黏膜，严重的会导致孩子的肠道出现穿孔，是比较危险的。
2.经常直肠给药容易造成肠道菌群紊乱，因为直肠给药可以破坏正常的肠道菌群。肠道菌群破坏以后，可以造成孩子出现腹胀、腹泻、大便异常这些情况。
所以，尽量不要直肠给药，以免造成孩子出现一些严重的副作用。直肠给药有局部用药的优点，对于口服用药比较困难的情况下，可以临时地给用直肠给药，比如退烧栓，或者是镇静药物，可以直肠给药起效比较快，但是不建议长期使用。