先天性巨结肠如果不及时治疗，对于患儿健康的影响是极大的。
首先，先天性巨结肠是以顽固性便秘为主要表现的，当大便不能够正常排出，长时间储存在孩子体内就很容易吸干患儿肠道中的水分，继而出现不灌肠就不排便的现象，严重影响孩子的自主排便能力。
其次，排便正常是人体新陈代谢的基本运作，长期大便不畅容易影响到患儿对于营养的正常吸收，继而出现营养不良的情况，严重影响孩子正常发育。同时先天性巨结肠出现顽固性便秘后，非常容易导致腹胀、呕吐症状的出现，也会加重孩子营养不良的情况。
因此，为降低先天性巨结肠给孩子带来的伤害，发现异常要及早就医明确，以控制疾病继续发展。