如果患者的嗜酸细胞性胃肠炎，已经证实是食物过敏所导致的。首先应该驱除可疑的过敏食物，这是最重要的治疗手段。通常要素饮食完全剔除食物抗原，可以改善患者的临床症状，要素饮食需要的时间比较长。另一种饮食调整方法是食物剔除，通过对变应原、特异性、IgE等检测和病史采集，将可疑食物剔除。
另外治疗嗜酸细胞性胃肠炎要应用药物，药物治疗首选糖皮质激素。嗜酸细胞性胃肠炎对糖皮质激素的治疗有良好的反应，一般是口服泼尼松。2周后临床症状得到改善，8周后逐渐减量。但是停用糖皮质激素以后，嗜酸细胞性胃肠炎有一部分会复发。其他药物包括白三烯受体拮抗剂和肥大细胞膜稳定剂。
嗜酸细胞性胃肠炎也有一部分需要手术治疗，手术治疗的患者主要是梗阻或者穿孔的病人。手术治疗远期效果不佳，如果不用糖皮质激素治疗，即使做了胃肠道局部切除，仍然有可能复发。嗜酸细胞性胃肠炎是一种变态反应性疾病，虽然可以反复发作，但是并不会发生恶变。如果能够及时治疗，预后是良好的。