做胃镜对身体一般不会产生很大的影响。但如果患者在操作的过程当中没有配合医生，或者医生的做胃镜的技术不是很熟练，并且动作较为粗暴时，有可能会对患者的胃黏膜产生影响。
患者如果在检查的过程当中没有配合医生进行操作时，有可能会导致胃黏膜的损伤，有可能会引起胃出血以及胃穿孔等并发症的发生，但是发生这些可能性较小。
如果患者选择做无痛胃镜，有可能会存在一定的麻醉风险，有可能会对麻药过敏，也可能会导致患者出现呼吸抑制的情况发生，需要引起注意。