新冠病毒变异后的种类相对较多，所以针对新冠病毒变异后的处理方式，与新冠病毒变异后的具体特性有关。
大部分新冠病毒变异后，由于不适于进一步繁衍，会随时间推移而自动消亡。针对这些类型的冠状病毒，一般不需特意进行处理。部分新冠病毒变异后，其传染性以及对人体的侵袭性减弱，这一部分属于弱化新冠病毒毒株，其处理一般以隔离治疗为主。
部分新冠病毒变异后其传染性以及对人体侵袭性增强，这一部分新冠病毒可导致病重人群比例增高，一般需要加强抗病毒治疗以及一般支持治疗。