肝囊肿在中医上属于积聚的范畴，多因肝郁气滞、湿浊虫积导致的气滞血瘀。
治疗经典的方子有桂枝茯苓丸，对于胁痛胀满可以用柴胡、香附。有肝区疼痛的情况，可以用延胡索、白芍。囊肿比较大、肝脏肿大的可以用浙贝母、莪术。对于胃脘闷胀的可以用苏梗、白术等。
肝囊肿也有认为内容物有水的特点，认为本病属于痰饮的范畴，治疗上以通阳化饮为主要的治则。苓桂术甘汤作为代表方剂，方剂中含有茯苓、白术、桂枝、莪术、郁金等，这些方子治疗肝囊肿都能够取得比较好的效果。