颌骨囊肿不处理是不可以的，其危害较大，要积极治疗。
颌骨囊肿具有一定的复发率，呈现单发或多发病变，少数囊肿会出现颌骨大面积膨隆、病变区患牙无活力及牙齿移位。严重破坏骨质结构、引起骨代谢的改变，进而导致骨质的溶解，有时不规则形的病变还具有一定的侵袭性。
颌骨囊肿最好采取外科手术治疗，其手术以刮治为主，术中尽量避免伤及根尖牙髓组织。颌骨囊肿用于病理诊断的组织少，骨腔内可能有血性液体。术后定期影像学检查及牙髓活力测试，是保证预后的主要方法。