导致女性小便时疼痛的病因不同，治疗方法也有一定的区别。
如果女性小便疼痛为尿路感染疾病所引起，比如急性的膀胱炎，主要是使用一些抗菌类的药物进行治疗，比如左氧氟沙星，头孢地尼等，还可配合使用三金片等药物改善排尿刺激症。并且要多饮水、多排尿，都有助于尿路感染疾病的康复。
如果女性小便疼痛为泌尿系统外伤所引起，通常还伴有出血的症状，如果不太严重，应当以休息为主，并且清淡饮食，在3~5天后可恢复正常。如果损伤比较严重，可口服止血止痛的药物予以缓解。