对于尿道下裂手术之前，一般并没有特殊的并发症，主要是患者在排尿时会出现排尿通道异常，也就是说，由于尿道外口开口异常，并非通过正常的尿路通道排出，因此会出现在尿道下裂的地方排尿成撒花样症状。
而对于术后并发症，主要有三类，一是腹股沟斜疝的产生，二是尿路畸形，三是尿路狭窄和两性畸形，因为对于严重的尿道下裂手术效果只能进行轻微的改善，并不能达到良好的治愈效果，特别是越靠近阴囊，尿道下裂越重，那么对于斜疝或者隐睾的产生概率就会更高，而对于尿道下裂，如果裂口较大或者偏离正常通道越远。那么尿路畸形，也就越严重，同时，如果尿道下裂严重，甚至会出现两性畸形的表现，因此，这是其最主要的并发症，而且对于重度尿道下裂患者很可能会合并其他泌尿生殖系统的畸形，或者其他器官发育异常。