真菌性中耳炎可以根治。想要根治真菌性中耳炎，重点在于足疗程、足量地使用抗真菌药物，并且要注意日常耳道环境的护理。
首先，患者可以遵医嘱，将外耳道以及中耳内可能存在的真菌丝或者真菌球等病变处理干净，之后使用局部用药或者口服用药的抗真菌药物，对耳道进行冲洗治疗，并且进行全身性的抗真菌治疗。抗真菌治疗的药物用药一定要足量，疗程一定要足够，治疗期间要定期检查耳道内的真菌存在情况。
其次，患者应当对耳道可能接触到的枕巾、毛巾等日常用品进行彻底清洗消毒，清除可能粘附在其表面的真菌，避免再次出现感染。