大多数支原体感染患者仅累及上呼吸道，在经过2到3周病情加重，表现发热、头痛和咳嗽。咳嗽是肺炎支原体感染的特点，在随后的1到2天咳嗽症状明显加重。肺炎支原体感染这种症状逐渐加重的特点，与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别，5%到10%的患者可进一步发展，成为支气管炎或肺炎。
在这一阶段，原先的上呼吸道感染的症状仍然存在，但咳嗽更为严重，白痰较少，偶有痰中带血。由于持续咳嗽，患者可出现胸骨旁胸腔疼痛，患者发烧，体温一般不超过39度，并伴有畏寒。