肛瘘瘢痕和复发的主要区别就在于没有脓液的形成，另外皮下也不会有瘘管的情况。
肛瘘的瘢痕可能会隆起于正常的组织结构，会有按压的轻微疼痛。另外，可能会引起肛门局部的潮湿，引起肛门局部的瘙痒。如果瘢痕出现炎症性的反应，可以出现表面的红肿。而复发往往是肛瘘的内口处理不彻底，再次形成感染，会有肛瘘管道的形成，并且会有脓液，局部会出现红肿。
肛瘘瘢痕和复发可以通过肛周核磁共振的检查或者是超声的检查进行辅助性地区别，如果有复发，还需要再次通过手术进行治疗。