约有50%的艾滋病患者可能会感染卡氏肺囊虫，出现卡氏肺囊虫肺炎并发症。卡氏肺囊虫肺炎如没有及时发现或未经治疗，死亡率高达70%以上，这就是最大的危害。
其次，艾滋病卡氏肺囊虫是一种感染性疾病。如果未经治疗是一种传染源，当周围人群免疫力比较低下的时候，有可能会传染给其人。特别是婴幼儿免疫力尚未成型的时候有可能会被感染。
确诊艾滋病卡氏肺囊虫肺炎，首先要治疗基础疾病，通过规范的抗病毒治疗，治疗艾滋病，控制艾滋病病毒，提高免疫力。其次进行卡氏肺囊虫的治疗，目前临床上最常用的是复方磺胺甲恶唑，一般疗程是21天。