在临床上，核磁共振的应用范围很广泛，可以用于诊断很多种肿瘤。比如，颅脑肿瘤主要是采用核磁共振的检查手段进行检查。这种核磁共振的方法检查脑肿瘤的时候，常常采用增强的核磁共振的手段，能够进一步观察颅内肿瘤的部位、形态、血液供应情况，并且初步考虑颅内肿瘤的良性或者恶性。
此外，对于一些纵隔的病变，也适合进行核磁共振检查，能够明确纵隔的层次和结构，观察纵隔内的病变情况。核磁共振检查还常常应用在胆道系统的一些相关检查方面，可以帮助发现胆系的一些肿瘤。
而骨骼的核磁共振检查，也是非常常用的检查手段。通过核磁共振检查，可以很好地观察骨肿瘤的部位、形态与周围组织关系，并且初步鉴定良性或恶性骨肿瘤等情况。