1.遗传因素：近亲属结婚的后代出现先天性畸形的多，包括肾脏、输尿管、膀胱、生殖系统等。肾脏畸形表现为多囊肾、肾发育不全、肾缺如，与常染色体隐性遗传因素有关，遗传因素在致泌尿生殖系统畸形中有重要的作用。
2.环境因素：包括自然环境、社会环境、孕前父母近接触有害物理、化学物质因素等。
3.其它：包括药物因素、孕期营养及生育年龄等。
泌尿生殖系统先天畸形原因复杂，既有环境因素的作用，同时有遗传因素的作用，也有两种因素同时作用的可能。