胚胎生物化学是生化妊娠，生化妊娠是指受精卵不在子宫内植入和发育，但当月经流出子宫时会出血，生化胚胎有某些症状。首先超声波不能看到子宫中的怀孕囊。极低的hcg水平只能表明怀孕，不能表明植入是否成功，通常不会超过50天。胚胎会自然流产，并有灰白色的膜一样的东西流出。
生化妊娠的原因与自然流产是一致的，胚胎染色体异常可能是生化妊娠的原因之一，对试管婴儿过程的仔细分析显示，年龄较大的女性，如35岁以上的卵子，质量差，胚胎发育不良。