灌肠时应使用正规灌肠器，容积约为50-60ml，前头连有一塑胶导尿管。
灌肠时采用侧卧位或其他卧位，将导尿管涂上润滑油，将其塞入肛内，灌入灌肠溶液即可，灌肠时的水温一般在35°-40°之间，温度太高可能会烫伤肠管黏膜，温度过低，则不容易保留灌肠液，不能起到灌肠效果。
灌肠时口部不要太尖锐，慢慢插入肛内，如果有疼痛时，可适当变换方向，不能强行进入，避免刺伤肠道粘膜。成人的进入长度约4-5cm，儿童2-3cm即可·，另外需要注意的是灌肠液应采用温的生理盐水，尽量避免使用肥皂水以及甘油灌肠。