肛周脓肿手术是能够除根的，但是除根主要还是针对本次的手术。
肛周脓肿发生是由于肛门周围的腺体出现了感染，在感染之后治疗不及时，导致了肛门周围脓肿的形成，主要的治疗方法就是通过手术进行治疗。
手术可以切除原发的感染内口，切除感染的部分，一般目前也都是采用根治性的手术治疗，在最大程度上降低了术后复发地风险。所以在临床上对于本次形成的肛周脓肿，可以达到除根的治疗效果。
但是在手术之后，患者的生活作息时间不规律，经常疲劳、熬夜或者是经常有腹泻的情况或者是在饮食上过于辛辣刺激，也可能会有肛周脓肿出现复发的情况。