直肠镜可以检查出直肠脱垂，但在临床上直肠镜并非是直肠脱垂的主要检查方法，直肠脱垂主要是依赖于排粪造影，以及体格检查。
直肠脱垂的患者行直肠镜检查时，能够发现直肠黏膜松弛并且向下移位，但并不能明确直肠脱垂的严重程度，以及直肠脱垂的类型。而这些信息只有通过排粪造影才能明确，特别是对于一些直肠黏膜内脱垂的患者。
而对于直肠外脱垂的患者，一般单纯通过体格检查，就可以判断症状的严重程度，以及脱出的类型。必要时患者还需要结合影像学的检查，例如盆腔磁共振检查等。