肌肉疼痛不一定是感染了尼帕病毒，但是尼帕病毒的患者，是可以出现肌肉疼痛的表现。
肌肉疼痛的原因有很多种，如过度运动、肌溶解、病毒入侵引起菌血症等。病毒感染若病情严重，出现病毒血症是可以引起肌痛的。尼帕病毒是一类可引起人畜共患病的病毒，因此当感染该病毒时，也是可以出现肌肉疼痛的。
对于长期从事畜牧业的人群，出现肌肉疼痛，是需要考虑感染尼帕病毒，但仅凭肌肉疼痛是无法进行确诊的。因此，若要确诊尼帕病毒，则需要进行抗体检查及病原学检查等。