心房纤颤是心源性的脑卒中的最常见的原因会造成脑栓塞的情况。心房纤颤常常会长时间存在，一旦发生了新房纤颤，左心房的收缩会降低，导致血流的缓慢瘀滞，非常容易导致心脏中出现一些附壁血栓。 一旦长期的心房颤动，会使得栓子脱落而引起相应的脑栓塞情况。
栓子常常停置于这种颅内血管的分叉或者是其它管腔的自然狭窄部位，最常见的就是颈内动脉的系统。 所以它随着血流进入了颅内动脉系统，会导致颈内动脉系统出现急性的闭塞以及严重的狭窄。无论是哪一种都会造成相应的供血区，脑组织发生缺血坏死以及功能障碍。 这种脑栓塞常常的症状都是比较重的，颈内动脉相应的损伤面积比较大，特别是大脑中动脉是尤为多见，一旦发病，就会出现明显的言语困难以及肢体偏瘫。