阴茎肉粒一般无疼痛感觉。由于常见的肉粒外观是个体生理性的变异所导致的皮脂腺异位症、珍珠疹，通常对生活没有影响，不会有疼痛的感觉，也不需要特殊的治疗和处理。
但是，如果在不洁性行为后发生的异常肉粒样外观，这就要考虑是尖锐湿疣的可能性较大，在没有得到及时有效的治疗情况下，伴随感染的情况时就有可能导致疼痛感觉。
需要就诊后明确肉粒外观的具体性状，必要时需要醋白试验来进行鉴别诊断，明确尖锐湿疣所导致的异常外观，需要激光或者是冷冻的方式进行处理，处理之后，同时要给以抗病毒药物进行服用。