慢性非细菌性前列腺炎的发病机制较为复杂，一般是无法根治的，并且即使经过系统的治疗，也会容易反复的发作。
对于慢性非细菌性前列腺炎的治疗目标，主要是以缓解疼痛、改善排尿症状，并且提高生活质量为主要目的，单一的治疗方法对于本病的效果一般是比较差的，常常采取一种联合治疗方法为主，治疗同时辅助其他的治疗方法来综合治疗。常用的治疗药物有抗生素，α受体阻滞剂以及非甾体抗炎药物。
药物治疗的同时，需要注意配合饮食以及生活习惯改变，可以有效的减少慢性非细菌性前列腺炎的复发几率。此外，物理治疗，比如温水坐浴、前列腺按摩，对于慢性非细菌性的前列腺炎也是有一定效果的。