治疗肛周脓肿的费用相对较高。但费用的高低，要依据患者的住院时间、肛周脓肿的位置以及手术复杂程度、住院时间有无出现并发症来定。
同时医院级别不同，各个收费项目费用也不同，同一种手术收费三甲医院比二甲医院要多出1/3。比如肛周脓肿出现在皮下，位置较浅，范围较小，可以在门诊急诊室进行局部麻醉下行脓肿切开引流术。不需要住院，可以随治随走。术后每日门诊换药，费用较低。
如果高位复杂脓肿，涉及到其它组织器官，全身症状比较明显，患者基础疾病多，就必须入院治疗，所产生的费用较高。