男性精子畸形率高，需要确诊病因，再对症治疗。
引起男性精子畸形率高的原因比较多，大量喝酒、接触放射线有毒的物质，也可出现精子畸形率高，需要改变饮食，禁酒、禁烟，脱离接触放射性物质，可降低畸形率。
如果精索静脉曲张引起的精子畸形率高，可以通过做手术治疗，促进精索静脉的回流通畅。如果是精囊炎、附睾炎、前列腺炎引起，需要服用抗生素抗感染治疗，控制炎症，促进睾丸恢复正常的生精功能，提高精子的质量，降低畸形率。
要加强锻炼，多做运动，也有助于降低畸形率。