脓肾的患者是发生化脓性的感染，患者需要口服强效有力的抗生素才能治疗。但是在临床上口服药的很少，需要给予静脉静点抗生素，有些患者甚至需要联合使用抗生素才能将炎症控制住。脓肾在治疗时除了使用抗生素之外，还要做尿液的细菌培养。
尿液培养能够查找有效的致病菌，同时做药物药敏感实验，更加有效的针对选择合适的抗生素，才能有效的治疗脓肾。有些患者的脓肾治疗比较困难，药物可能很难控制住炎症，需必要时要做肾脏的切除。