咪喹莫特乳膏的副作用主要表现为局部皮肤溃烂，灼热疼痛甚至是瘙痒，糜烂等现象，偶尔会伴随着短暂的低热，以上症状都属于药物应用产生的不良反应，停药之后这种症状都会消除。
如果相关症状比较轻微的，可以持续用药，但一定要及时注意观察用药反应，如果不良反应较为明显，应该马上停止使用药物，对于儿童，孕妇和哺乳期妇女，非必要应用一定不能自行选择该药物进行使用。
由于本品属于外用药物，如果不慎接触到眼睛和嘴巴，及时用温和的肥皂水或者是水进行清洗。
咪喹莫特乳膏其实是一种局部免疫刺激剂，临床应用时常用于治疗尖锐湿疣或者是高危型的HPV感染。在使用之前一定要进行局部皮肤测试，如果少量试用之后没有副作用，再逐渐地增加用量，直至达到治疗效果为止。对于用药用量的调整应该进行定期的监测，与医生进行沟通，医生会根据身体状态来调整用药用量。